Povoada por Ibéros, Fenícios, Gregos, Cartagineses. A Romanização deu-se ao longo do séc.II a.C
designada por Julia Myrtilis, onde assume a sua importância comercial. Em 711 foi invadida pelos povos do norte de África, passando a chamar-se Martulah e reforça a sua condição de porto mais ocidental do Mediterrâneo. No séc. XI, durante um curto período de tempo, foi capital de um pequeno emirado islâmico, a taifa de Mértola. É conquistada no reino de D. Sancho II, pelo Comendador da Ordem de Santiago, Paio Peres Correia, em 1238. Foi doada à Ordem de Santiago. Aos poucos foi perdendo a sua importância comercial.
